כפר יחזקאל הוקם ב-14-12-1921 ע"י קבוצה מפועלי העליה השניה, חברי מפלגת 'אחדות העבודה'. נקרא ע"ש יחזקאל ששון.

מושב העובדים השני השני בארץ ישראל. הוקם על ידי קבוצה מפועלי העליה השניה אנשי מפלגת 'אחדות העבודה'. חברי הקבוצה התנסו בעבודה חקלאית בחוות החקלאיות ובמושבות והיו ברובם בעלי משפחות. חלקם ניסו להתיישב באוקטובר 1919 בחמארה שבגליל העליון, אולם עזבו לאחר שלושה חודשים בשל המצב הבטחוני הקשה באזור. המתישבים עברו לעמק יזרעאל לתל עדשים הנטושה, אך סירבו להתיישב שם באופן קבוע בשל המחסור במים שאינו מאפשר חקלאות אינטנסיבית כנדרש במושב עובדים. גם ההצעה להתיישב באדמות יג'ור נדחתה, בשל הקירבה לחיפה, שלדעתם תפגע בקיום חיי מושב כהלכתו. באוקטובר 1921 הסכימו חברי הקבוצה להתיישב בגוש נוריס במזרח עמק יזרעאל, למרות התנגדות חלק מהם לרעיון ההתיישבות במושב. חברים נוספים הצטרפו לקבוצה ולקראת העליה לקרקע היא מנתה שישים משפחות.

ב-16 בדצמבר 1921 עלו חברי הקבוצה על הקרקע. המושב נקרא בתחילה 'עין טבעון' על שם מעיין סמוך. המושב תוכנן לששים משפחות, כשלכל משק הוקצו מאה דונם. בפועל קיבלו המתיישבים רק חלק ממכסת האדמות שהובטחה להם, והדבר גרם להתמרמרות שנמשכה שנים, עד להשלמת המיכסה. המתיישבים גם חשו מתוסכלים מכך שמפלגתם ('אחדות העבודה') ראתה בקיבוץ את צורת ההתיישבות המועדפת והם סברוו שמתיחסים אליהם בזלזול ובחשדנות. את בדידותם הגבירה העובדה שגם הקשרים עם נהלל, מושב העובדים הראשון, היו רופפים והיחס בין שני המושבים היה של תחרות ולא שותפות.

לאחר מספר שנים, בעקבות דרישת המוסדות הציוניים ולמורת רוחם של התושבים, שונה שם הישוב ל'כפר יחזקאל', על שם ששון יחזקאל, מדינאי, כלכלן ומשפטן יהודי, שכיהן כשר האוצר הראשון בעיראק בשנים 1925-1920, ותרם כספים לקק"ל לשם רכישת קרקעות בארץ ישראל.

בקיץ 1922 תיכנן האדריכל ריכרד קאופמן את מבנה המושב באופן דומה לנהלל. בעקבות הביקורות על עבודתו הקודמת הוסיף לעיגול רחוב אחד ישר, כדי לאפשר הרחבה בעתיד. באותו קיץ חולקו המגרשים והחלה בניית הרפתות והצריפים. בתי הקבע הושלמו רק בראשית שנות ה-30. במשך שנתיים ניסו המתיישבים להמשיך ולקיים פלחה משותפת ('בתלם ארוך'), אך הנסיון נכשל בעיקר בשל ניגוד אינטרסים בין המשק המשותף למשקים הפרטיים של החברים, שהפכו במשך השנים יותר ויותר אינטנסיביים.

מבחינה חברתית ותרבותית, ניכר בכפר יחזקאל חותמה של העליה השניה. הדבר התבטא בנסיונות להקפיד ולשמור על עקרונות המושב תוך שימת דגש מיוחד על העזרה ההדדית, ובהחלטה להקים מערכת חינוך נפרדת מיישובי הסביבה הקיבוציים, מתוך הכרה שדרך חיים שונה מכתיבה חינוך שונה. למרות המאמצים, עקרון העבודה העצמית, לא יושם כהלכתו בשל גודל החלקות והגיוון בענפי החקלאות.

לאחר הקמת המדינה נוספו למושב עשרים משקים חקלאיים שאוכלסו בעולים חדשים וחיילים משוחררים. בעקבות משבר המושבים בשנות ה-80 פורקה האגודה השיתופית ונפסקה הערבות ההדדית. נערכו הסדר חובות והסדר קרקעות ותוכננה בניתה של הרחבה.

כיום מונה המושב 80 משקים חקלאיים ו-60 יחידות דיור לא חקלאיות. רוב תושבי המושב מתפרנסים מעבודות מחוץ למושב. ענפי המשק החקלאי כיום הם: רפת, לול ופרדסים. רבות מהרפתות הישנות נסגרו ואלו שנותרו עברו מודרניזציה מלאה. החלה להתפתח תעשיה חקלאית של יצור גבינות ומוצרים נוספים. חלק מהתושבים החלו להתפרנס מתיירות ומעסקים קטנים.